星羽立即吹奏音波，试图驱散污染，却发现音波刚一发出，就被某种力量扭曲成充满绝望的旋律。圣女的净化之光在污染面前显得苍白无力，她的意识火种开始出现裂痕。千钧一发之际，星璃取出 “星核之心”，水晶球中微型宇宙的光芒照亮四周，精神污染如冰雪般消融。但这短暂的危机，让众人意识到，威胁并未真正解除。
回到银河系联邦总部，星璃将三件神器的秘密告知幸存的高层。然而，当她展示黑色钥匙时，一位元老的瞳孔突然闪过诡异的紫光。林渊敏锐地捕捉到这一细节，数据探测器瞬间锁定元老的生命体征 —— 他的意识海中有一个微小的紫色孢子在蠕动。“小心！他被污染了！” 林渊大喊。
被污染的元老突然暴起，手中的权杖化作暗物质触手刺向星璃。林霄的机械分身迅速挡在前方，超弦装甲在触手的腐蚀下迅速气化。星羽吹奏出音波牢笼困住元老，圣女则全力净化他体内的孢子。经过一番苦战，众人成功清除污染，但这一事件让他们意识到，虚境外域的孢子已经开始渗透各个文明。
为了彻底根除威胁，星璃等人决定兵分四路。林渊带领机械文明的科研团队，前往宇宙弦的节点处，研究如何彻底闭合虚境外域的裂隙；星羽与魔法文明的先知们合作，试图用古老的预言术找到孢子的源头；圣女则深入被污染最严重的星域，建立净化祭坛；而星璃和林霄则带着 “星核之心” 与黑色钥匙，前往宇宙边缘的 “起源之地”，探寻平衡之主留下的最后秘密。
在 “起源之地”，星璃等人发现了一座由纯粹能量构成的古老神殿。神殿的墙壁上刻满了宇宙诞生以来的所有战争，而在最深处，有一个巨大的王座，王座上插着一把断剑，剑柄处镶嵌的宝石，竟与 “星核之心” 产生强烈共鸣。当星璃将 “星核之心” 嵌入宝石的瞬间，断剑爆发出耀眼的光芒，一段尘封的记忆涌入她的意识 —— 在宇宙诞生之初，平衡之主正是用这把 “平衡断剑”，将虚境外域的力量封印。但如今，封印正在松动，而黑袍人手中的暗紫色核心，正是解开最终封印的关键......
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