两者其实没有根本性矛盾，看看儒家思想熏陶下的中国人参拜各种神庙，而后世提倡无宗教信仰的兔子大力复活儒学，就知道儒家从古至今都没有思想控制这一条，只要你的行为合乎“仁”道即可。
元、清两个外族朝代，都是拼命挖科举选官的墙角，导致朝廷统治阶级每况越下，一旦没有明君名臣，就会江河日下，连稍为维持都难。
而自宋之后的诸多汉族政权，都是力保科举选官的纯粹性，除了皇帝是由于血统担任之外，基本上整个掌握国政的统治阶级，都是科举出身，保持了统治阶级的素质。
虽然其中由于历史原因，还是要保留荫补制度，以符合古代宗族观念，但是荫补制度大部分是针对武官系统（这可是要命的职业，没一定素质谁会让自己的子孙去当。）。
文官系统当然也有荫补制度，但是一来，采取类似推恩令的这种手法，就是官职达到一定阶级才有权荫补，荫补人数有限，荫补的职级也要减数等，确保受荫补者如无特殊功勋，就无法继续荫补其他人，断绝了“鸡生蛋，蛋生鸡，无穷匮也。”的做法。
二来，受荫补的人，授官是受到一定限制的，要职、贵职是基本不会授予的，而且对这种身份的官员，考核方面也十分严格，除非真的做出了什么特殊贡献，不然是很难升官的。